V r. 1541 Turci na pozvanie Zápoľského strany obsadili Budín a vytvorili rozsiahlu provinciu, ktorá siahala až na územie Slovenska. Budín sa stal sídlom tureckého pašu. Keď Turci dobyli aj Ostrihom, odtiaľ podnikali ničivé výpravy na Slovensko.
Hrad Fiľakovo, ktorý dobyli, sa stal sídlom sandžaku (okresu). Obyvatelia podmanených oblasti im museli platiť dane. Neplatenie, alebo omeškanie platieb kruto trestali.
Na ochranu pred Turkami sa prebudovali mnohé hrady a stavali nové opevnenia - Nové Zámky - pevnosť. Ľud staval aj strážne veže - "vartovky".
Navyše v 17. storočí vznikol celý rad šľachtických povstaní (pod vedením Betlena, Bočkaja, Rákociho, Tököliho) proti Habsburgovcom, ktorí neustále upevňovali svoju moc, obmedzovali práva šľachty a násilím presadzovali rekatolizáciu a uhorská šľachta bola väčšinou protestantská. Šľachta sa často spájala s Turkami. Tieto vojny s prestávkami trvali viac ako 100 rokov. Ich výsledkom bolo, že uhorská šľachta si udržala svoje výsady a Habsburgovci zasa trón i korunu.