Po bitke pri Moháči sa územie Slovenska ocitlo na hranici s Osmanskou ríšou. Na obsadenom území Uhorska si Turci vytvorili Budinský pašalík – delil sa na okresy – sandžaky – 4 siahali až na územie Slovenska. Turci chceli dobyť aj slovenské banské mesta. Tie si na obranu začali budovať strážne veže – vartovky (v Krupine) a nové opevnenia Nový zámok v Banskej Štiavnici.
   Plánom Turkov bolo dobyť Viedeň a dostať sa až do západnej Európy. Avšak bitka pri Viedni r. 1683 sa skončila ich porážkou a znamenala ich postupný odchod z Uhorska. R. 1699 – bol uzavretý mier v Karlovaci, ktorý znamenal ich definitívny koniec.

Stavovské povstania              

   Habsburgovci neustále upevňovali svoju moc - obmedzovali výsady šľachty (chceli aby platila dane) a násilne presadzovali rekatolizáciu (šľachta bola prevažne protestantská), preto vznikol celý rad povstaní (pod vedením Gabriela Betlena, Štefana Bočkaja, Juraja Rákociho, Imricha Tököliho, Františka Rákociho). Šľachta pritom využívala vojenské konflikty v Európe – tridsaťročnú vojnu, tiež sa často spájala s Turkami Tieto povstania trvali takmer 100 rokov a skončili sa podpísaním mieru v Satu Mare (v r. 1711). Jeho výsledkom bolo že uhorská šľachta si udržala svoje výsady a cirkevnú slobodu a Habsburgovci zasa trón.
Zlé životné podmienky poddaných spôsobili, že sa veľmi rozmohlo zbojníctvo. Najslávnejší Juraj Jánošík sa stal legendárnou postavou.